实验室依据南昌市重点实验室管理办法，实行依托单位领导下的主任负责制。主任负责实验室的总体运行和管理，包括确定组织结构、权力委派以及制定工作目标等；另设主任助理和专职的实验室科研秘书各 1 名，协助主任工作。实验室设立学术委员会和工业界战略指导委员会，委员由国内优秀专家组成。 学术委员会发挥专家指导的作用，负责指导实验室制定发展计划、组织实施研究计划、把握实验室研究方向以及审核科研课题等，对实验室的学术研究进行指导； 工业界战略指导委员会负责为实验室的人才培养、专业布局、学科建设、重要改革举措等战略性、前瞻性问题提供决策咨询，同时也为实验室面向社会和企业争取重大资源提供支持，促进实验室科研成果向工业界转化，实现产学研合作。实验室还聘请了 学术顾问，对实验室的具体科研工作进行专业指导，并为实验室整体科研水平的提高贡献力量和提供重要资源。实验室下设“基于区块链的数据安全管理技术研究室”、“企业数智链研究室”和“政务链研究室”三个研究室，以及“行政管理办公室”和“科研管理办公室”两个管理服务部门。

                                          (数据截至2022年7月)